Namen raziskave je ovrednotiti strukturno podobnost proteina - Granulocyte Colony-Stimulating Factor - v različnih izolatih in v referenčnem zdravilu. Raziskava je zasnovana kot osnova metodologije za razvoj in registracijo generičnih zdravil. Vključuje metode rekombinantne sinteze, NMR in kemoinformatike. Primerjali smo strukturno sintetiziranih substratov in učinkovine originalnega zdravila. Predlagani postopek bi lahko pomagal optimizirati parametre v proizvodni tehnologiji in potrditi identičnost strukture proteinov v različnih substratih, kar bi omogočilo odobritev zdravila.
COBISS.SI-ID: 3725082
Študirali smo možnost prehoda flavonolov in antocianov preko membrane jetrnih celic s pomočjo membranskega proteina bilitranslokaze. Ugotovili smo, da vezavna interakcija temelji na sposobnosti tvorbe vodikovih vezi, kar zmanjšuje pomen interakcij nabitih delov molekule. Do teh zaključkov smo prišli na osnovi modela, zgrajenega s pomočjo izbranih strukturnih deskriptorjev. Rezultati raziskave kažejo, da večina flavonolov, prisotnih v hrani, za razliko od antocianov ne reagira z bilitranslokazo, medtem ko se nekateri aglikoni šibko vežejo.
COBISS.SI-ID: 3622426
Opisana je bila študija občutljivosti numerične karakterizacije proteoma glede na število proteinov, upoštevanih v analizi. Osnovni podatki študije so predstavljale proteomske mape jetrnih celic miši, tretiranih s štirimi proliferatorji. V kvantitativni analizi smo upoštevali od 25 do 1000 prisotnih proteinov. Primerjali smo rezultate podobnosti invariant proteomskih map, izračunanih na osnovi različnega števila prisotnih proteinov. Ugotovili smo, da je niz 300 proteinov z največjo intenziteto v proteonski mapi dovolj za zadovoljivo numerično karakterizacijo proteoma.
COBISS.SI-ID: 3544090
Na osnovi kemo-informacijske raziskave je bil pripravljen načrt za mutacijo proteina, ki služi kot okolje za katalizo asimetrične sinteze, ter je v nadaljevanju za potrditev hipoteze o vplivnih aminokislinskih preostankih. Cilj je bil optimizacija katalizatorjev za asimetrično kemijsko sintezo v okolju, podobnem biološkemu. Sistem, ki bi 100% selektivno kataliziral eno samo enantiomero, je zanimiv iz znanstvenega in komercialnega vidika. Predstavljena študija je pokazala veliko izboljšavo učinkovitosti katalizatorja ter nakazala perspektivne smeri raziskav, kjer so možne nadaljnje izboljšave.
COBISS.SI-ID: 3516442
V študiji smo prišli do pomembnega spoznanja o vlogi metala (vanadija), ki se veže v vezavno mesto biotina v streptavidinu, in spremeni encimsko neaktivni protein v enantioselektivni bio-katalizator oksidacije prokiralnih sulfidov. Rezultirajoči umetni metaloencim katalizira enantioselektivno oksidacijo prockiralnih sulfidov z dobro enantioselektivnostjo tako za dialkil in alkil-aril substrate (do 93% enantiomernega presežka). Vezavno mesto vanadijevega iona je bilo določeno s kemoinformacijsko študijo (docking) in potrjeno eksperimentalno z elektronsko paramagnetno resonančno spektroskopijo.
COBISS.SI-ID: 3942938