Mlečnokislinske bakterije (MKB) in bifidobakterije, namerno vnesene v živilsko verigo lahko deluje kot rezervoar protimikrobne odpornosti (AR), kar predstavlja problem glede varnosti hrane. V tej raziskavi smo raziskali odpornost proti protimikrobnim zdravilom lastnih in komercialnih probiotičnih in starterskih kultur laktobacili in bifidobakterij (n = 20) s povezovanjem fenotipskih in in silico podatkov. Minimalne inhibitorne koncentracije (MICs) smo ugotavljali z mikrodilucijskim in/ali E-testom. Geni za odpornost proti antibiotikom (ARG), mutacije, genomski otoki (GIs), in mobilni genetski elementi (MGE) so bili napovedani v zaporedjih celih genomov (WGS) z uporabo različnih podatkovnih baz in orodij (CARD, Resfams, ResFinder, ARG-ANNOT, FARME DB, IslandViewer4, PlasmidFinder, PointFinder, BLAST, HMMER3). Poleg tega smo opravili celovito analizo o razširjenosti gena tetW in spremljajočih zaporedij (FStetWs) pri laktobacilih in bifidobakterijah (n = 1423). Številni sevi so izkazovali fenotipsko odpornost proti kanamicinu, tetraciklinu, kloramfenikolu, quinupristin-dalfopristinu, ciprofloksacinu in neomicinu. Opažene odpornosti niso vedno sovpadale s prisotnostjo ARG in obratno. V štirih probiotičnih sevih Bifidobacterium animalis subsp. lactis smo zaznali pridobljeni gen tetW, medtem ko v genomih laktobacilov nismo ugotovili nobene pridobljene ARG. Kljub temu so bili homologi beljakovin, povezanih z odpornostjo AR, prisotni v vseh 20 proteomih. Razširjenost tetW, ki jo je pogosto spremljal MGE, je bila višja pri bifidobakterijah (31,9%) kot pri laktobacilih(6,3%). Rezultati kažejo, da so FStetW lahko povezani z GI in so bili najdeni v več sevih, vključno z morebitnimi patogeni. Naše ugotovitve predstavljajo vpogled v odpornost proti antibiotikom pri probiotičnih in starterskih kulturah s poudarkom na tetraciklinu in v varnost teh sevov v kontekstu AR.
COBISS.SI-ID: 4320904
Ta dokument prikazuje rezultate raziskovanja mikrobiote humanega mleka in je v tesnem povezavo s temo projekta "J4-1769 Rezistomi probiotičnih in starterskih kultur kot potencialni dejavnik tveganja za širjenje odpornosti proti antibiotikom", saj izolati iz humanega mleka predstavljalo pomembno skupino, ki smo se ji posvetili tudi v projektu J4-1769, in ker so metode, uvedene v predstavljeni študiji, t.j. naslednjo generacijo 16S rRNA sekvenciranja (NGS) in gojenjem / identifikacijo z masno spektrometrijo MALDI-TOF, pomembno tudi v projektu J4-1769. Poleg tega so vsi avtorji tega članka člani projektne skupine J4-1769. V dokumentu so predstavljeni dejavniki, ki lahko vplivajo na mikrobioto humanega mleka (HMM). Poleg znanih dejavnikov, ki oblikujejo HMM, smo analizirali povezavo med uživanjem probiotikov pri otroku in HMM. Prevladujoča rodova v meku sta bila Staphylococcus in Streptococcus. Uporaba probiotikov pri dojenčkih je bila povezana s spremembami HMM v smeri povečanega števila OTU, ki so značilne za Firmicutes ali Actinobacteria, posebej za rod Lactobacillus. Študija je pokazala, da lahko dajanje probiotikov dojenčku vpliva na HMM, tako da je v materinem mleku več laktobacilov in živih probiotičnih bakterij. Slednje je najverjetneje posledica prenosa bakterij iz ust dojenčka v mlečno žlezo preko retrogradnega toka med dojenjem.
COBISS.SI-ID: 4326792