Števna gojiščna preiskava je zelo nezanesljiva za kvantifikacijo spor Paenibacillus larvae v čebeljih vzorcih. Da bi premostili to omejitev, smo razvili nov kvantitativni test PCR (qPCR) za detekcijo in kvantifikacijo spor P. larvae v vzorcih medu, ki je potencialno uporabna z vidika napovedi zdravstvenega stanja pripadajočih čebeljih družin. Test qPCR temelji na tehnologiji TaqMan in pomnožuje gen za metaloproteinazo, ki je v genomu P. larvae prisoten v eni kopiji, kar omogoča zanesljivo molekularno detekcijo in kvantifikacijo omenjene bakterije. Da bi omogočili absolutno kvantifikacijo, smo standardno umeritveno krivuljo qPCR umerili z digitalnim PCR. Za test qPCR je meja kvantifikacije (LOQ) znašala 13 spor na gram medu, meja detekcije (LOD) pa 3 spore na gram medu. Pripravljeni test qPCR predstavlja pomemben prispevek k zgodnji diagnostiki hude gnilobe čebelje zalege z molekularno kvantifikacijo spor P. larvae v vzorcih medu.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 4881530V tej raziskavi smo ugotavljali epidemiološko uporabnost tipizacije na osnovi zaporedij lokusov osrednjega genoma (cgMLST) in na osnovi polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) za tipizacijo bakterije Paenibacillus larvae. Skupno smo določili zaporedja celotnih genomov (tehnologija Illumina) 42 izolatom ERIC II in devetim izolatom ERIC I iz Slovenije. Pristop cgMLST smo izvedli z orodjem chewBBACA, medtem ko smo za pristop SNP uporabili orodje Snippy. Primerjava obeh pristopov (cgMLST in SNP) je pokazala 100% skladnost med tremi ugotovljenimi gručami ERIC II in eno gručo ERIC I; vse gruče so bile dobro podprte tudi s pripadajočimi vrednostmi zanesljivosti vejanja in epidemiološkimi podatki. Mediana genetske raznolikosti znotraj gruče za vse štiri ugotovoljene gruče je bila 24 alelov cgMLST (razpon 2–46) in 30 SNP (razpon 1–60). Obe metodi sta se izkazali kot primerni za zamejitev gruč genetsko povezanih izolatov P. larvae. Zbrani rezultati predstavljajo doprinos k razumevanju genetske raznovrstnosti izolatov P. larvae, povezanih z izbruhi hude gnilobe čebelje zalege, in so pomembna osnova za določitev mejne vrednosti (razlike v alelih/SNP) za zamejitev klonalnih izolatov P. larvae.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 44930307Genetska raznolikost izolatov P. larvae znotraj istega vzorca, čebelnjaka ali čebelarstva je slabo poznana. V tej raziskavi smo ugotavljali genetsko raznolikost izolatov iz enega čebelarstva s tremi čebelnjaki. Izolate smo pridobili jeseni 2019 iz vzorcev bolne zalege in pripadajočega medu, v sklopu preiskave izbruha hude gnilobe. Pri treh vzorcih medu smo tipizirali po pet izolatov, iz zalege pa po enega. Vse izolate (n=40) smo tipizirali z metodo ERIC-PCR in na osnovi polimorfizmov posameznih nukleotidov (SNP) v celotnem genomu z orodjem Snippy. Vsi izolati so pripadali tipu ERIC II. Povprečna raznolikost znotraj čebelarstva je bila 13 polimorfizmov SNP (razpon 0–27); največja raznolikost (27 SNP) je bila dosežena že znotraj enega čebelnjaka. Filogenetsko drevo ni pokazalo jasnega razvrščanja izolatov glede na pridružene podatke (vrsta vzorca, čebelnjak ali panj). Potrdili smo monoklonalno naravo izbruha, kar potrjuje prenos seva P. larvae znotraj čebelarstva. Pri preiskavah izbruhov hude gnilobe čebelje zalege z metodo WGS moramo upoštevati tudi genetsko raznolikost izolatov P. larvae znotraj vzorca, čebelnjaka in čebelarstva. Zbrani rezultati predstavljajo pomemben doprinos k razumevanju genetske raznolikosti mikrobiološko in epidemiološko povezanih izolatov P. larvae.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 32901379Člani projektne skupine so najtesneje sodelovali z imetniki čebel na področju izobraževanja, strokovnega svetovanja in preventive ter diagnostike in sanacije žarišč hude gnilobe čebelje zalege. Ob naštetih dejavnostih so ugotovitve, pridobljene v okviru tega projekta, prenašali neposredno v čebelarsko prakso in s tem izboljšali nekatere dosedanje izkušnje. Med ostalim so člani projektne skupine objavili strokovne članke v reviji Slovenski čebelar, svoje ugotovitve pa so delili na srečanjih Strokovnega združenja profesionalnih čebelarjev (2. in 3. Pislakov dan), letnih srečanjih čebelarjev v okviru 42. in 43. ApiSlovenije in ApiSlovenije 'v malem', na 2. in 3. mednarodnem posvetu o urbanem čebelarjenju ter pri pripravi priročnika Dobra čebelarska praksa. Člani projektne skupine so s svojim znanjem in izkušnjami sodelovali s Čebelarsko zvezo Slovenije in v več delovnih skupinah v okviru MKGP pri pripravi programov na področju čebelarstva, sodelovali z UVHVVR pri pripravi sprememb pravilnika o ukrepih za ugotavljanje, zatiranje, obveščanje in preprečevanje hude gnilobe čebelje zalege ter sodelovali v okviru MOL pri pripravi pilotnega projekta 'Azil za čebelje roje'.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)