Izvedli smo študijo, s katero smo opredelili in razložili genetsko povezanost in stopnjo diverzifikacije dednine navadnega fižola (Phaseolus vulgaris L.) od Portugalske, Ukrajine, po zahodno-vzhodni črti držav južne Evrope, vključno s Poljsko. Raziskava je temeljila na genetski strukturi P. vulgaris in je bila zasnovana tako, da prikazuje poti distribucije in udomačevanja navadnega fižola v Evropi. Z uporabo podatkov ki vključujejo različne deskriptorje, geografsko poreklo in različne tipe fazoolina (mezoameriški in/ali andski genski sklad) smo pridobili 782 akcesij iz devetih genskih bank in 12 geografskih virov. Uporabili smo 33 lokusno-specifičnih SSR markerjev, ki so bili enakomerno razporejeni po celotnem genomu P. vulgaris. Informacijska vrednost polimorfizma je znašala 0,800. Brez predhodne informacije o geografskem izvoru akcesij, smo v analizi genetske strukture določili 10 genetskih skupin. Med markerji PvSHP1za določitev pripadnosti genskemu skladu, se je kot najbolj informativen izkazal marker PvSHP1-B. Rezultati AMOVA kažejo, da je molekulska variabilnost znotraj 782-ih akcesij 89%; 4% pa je molekulske variabilnosti pa ostaja med akcesijami iz različnih geografskih izvorov vzdolž zahodno-vzhodne linije južne Evrope , vključno s Poljsko. Naša študija kaže, da je diverzifikacijska linija evropske dednine navadnega fižola sledila liniji od zahodnih območij južne Evrope (Portugalska, Španija, Italija, Slovenija) do bolj vzhodnih območij južne Evrope. Omenjeni vzorec tako določa tri geografsko ločene podskupine/območja vzhodne Evrope: severno (Poljska, Ukrajina, Romunija), južno (Albanija, Bolgarija) in osrednjo (Bosna in Hercegovina, Srbija, Madžarska).
COBISS.SI-ID: 5897832
Pred kratkim je bilo pokazano, da se egerolizini OlyA, PlyA2 in erilizin A (EryA) iz rodu Pleurotus preferenčno povezujejo z umetnimi lipidnimi membranami, ki vsebujejo 50 molskih % ceramid fosfoetanolamina (CPE), glavnega sfingolipida v membranah nevretenčarjev. V članku smo dokazali sposobnost egerolizinov OlyA6, PlyA2 in EryA, da se vežejo na celične membrane žuželk in na umetne lipidne membrane, ki imajo v svoji sestavi fiziološko relevantne koncentracije CPE. Dokazali smo tudi sposobnost omenjenih egerolizinov, da v kombinaciji s PlyB permeabilizirajo omenjene membrane. Kompleksi teh egerolizinov s PlyB so pokazali selektivno toksičnost proti ličinkam in odraslim osebkom koruznega hrošča ter proti ličinkam koloradskega hrošča. Rezultati nakazujejo na dejstvo, da citolitični kompleksi egerolizin/PlyB prepoznavajo CPE kot receptorsko molekulo v črevesu žuželk. Ta način vezave je drugačen od opisanih mehanizmov delovanja insekticidnih kompleksov bakterijskega izvora na osnovi egerolizinov, ali od mehanizma delovanja Cry toksinov bakterije Bacillus thuringiensis, ki imajo proteinske receptorje. Specifična interakcija s CPE in tvorba transmembranskih por v kombinaciji s PlyB nakazujejo na možnost uporabe kompleksov egerolizin/PlyB kot novih bioinsekticidov za zatiranje koruznega in koloradskega hrošča. Na plodovo vinsko mušico (Drosophila suzukii) preizkušani egerolizini niso imeli učinka.
COBISS.SI-ID: 5013839
Radič (Cichorium intybus L.) je tradicionalna evropska rastlina, ki je zelo cenjena zaradi vsebnosti bioaktivnih spojin, zlasti fenolnih, ki imajo visoko antioksidativno delovanje. Med drugimi dejavniki lahko kmetijska praksa vpliva na vsebnost teh bioaktivnih spojin, ki so pomembne tudi s prehranskega vidika in vplivajo na rok uporabnosti. Antioksidativni potencial (AOP) radičev pridelanih z različnimi gnojili smo raziskovali in-vitro z radikalom DPPH in in-vivo z uporabo kvasovk Saccharomyces cerevisiae. Poleg tega je bila skupna vsebnost fenolov (TPC) določena z reagentom Folin-Ciocalteu, skupna vsebnost flavonoidov (TFC) pa z uporabo metode aluminijevega klorida. Vključene so bile štirje različne sorte radičev: Treviso, Verona, Anivip (rdeče sorte); in Castelfranco (pisana sorta). Rastline smo vzgojili v lončnem poskusu v rastlinjaku z uporabo organskih in/ali mineralnih gnojil. Kombinacija organskih in mineralnih gnojil med rastjo rdečih radičev je povzročila znatno višji AOP in-vitro in in-vivo v primerjavi s kontrolo. Za pisano sorto Castelfranco je kombinacija organskega in mineralnega gnojenja zmanjšala AOP in-vitro in povečala AOP in-vivo. Med preučevanimi sortami je Castelfranco, ki je bil tretiran s kombiniranimi organskimi in mineralnimi gnojili, pokazal najvišji AOP in-vivo, skupaj z najnižjimi TPC in TFC. Ti podatki kažejo, da ima uporaba različnih gnojil različne učinke na sorte radiča v smislu TFC in TPC, kar je za rdeče sorte povzročilo različne AOP in-vitro in in-vivo. AOP in-vitro se dobro odraža v AOP in-vivo za sorte rdečega radiča, manj pa za pisano sorto Castelfranco. Na podlagi in-vivo AOP za analizirane sorte radiča je priporočljiva kombinirana pridelava z organskimi in mineralnimi gnojili.
COBISS.SI-ID: 5949288
Vrsta ogorčic koreninskih šišk M. luci pripada tropski skupini v rodu Meloidogyne, ki so zelo polifagni in nevarni škodljivci v kmetijstvu. Določili smo zaporedje nukleotidov genoma ogorčic koreninskih šišk vrste Meloidogyne luci 'SI-Šmartno'. Bioinformatske analize so pokazale, da ima organizem najverjetneje triploidno strukturo kromosomov (AAB). 209,2 Mb dolga genomska sekvenca sestoji iz 327 kontigov (N50 = 1711905 bp) in do danes predstavlja najpopolnejše zaporedje nukleotidov genoma iz rodu Meloidogyne na svetu. Genom je dostopen pod akcesijsko številko: ERS3574357.
COBISS.SI-ID: 5996392
V ribezu smo identificirali pet izolatov novega virusa iz družine Closteroviridae, ki smo ga poimenovali blackcurrant leafroll-associated virus 1 (BcLRaV-1). Genoma virusa velikosti 17kb smo odkrili bralne okvirje, ki kodira 10 proteinov. Filogenetske analize so pokazale, da je virus soroden drugim predstavnikom rodu Closterovirus, z analizami pa smo potrdili tudi rekombinacije znotraj vrste.
COBISS.SI-ID: 5586792