Sestava črevesne mikrobiote pri zdravi populaciji je odvisna od različnih geografskih in demografskih dejavnikov ter od življenskega stila. Mikrobiota pri slovenski zdravi populaciji do sedaj še ni bila opisana. V študiji smo analizirali tako bakterijsko kot glivno črevesno mikrobioto pri 186 zdravih prostovoljcih. Našli smo skupno 27.852 bakterijskih OUT, ki smo jih uvrstili v 253 rodov in 2.158 glivnih OUT, ki smo jih uvrstili v 195 rodov. Večina gliv je bila prisotna v zelo nizki količini, ter verjetno tranzientno. Analiza jedernega mikrobioma je pokazala, da je deloma podoben drugim populacijam ter da so predvsm rodovi Faecalibacterium, Bacteroides in Roseburia najpogosteje vključeni v jederni mikrobiom. Ugotovili smo povezavo sestave črevesne mikrobiote predvsem s tremi dejavniki. Na bakterijsko mikrobioto sta vplivala predvsem spol in starost, podobno kot je to opisano pri drugih študijah. Za razliko od teh pa smo mi ugotavljali večjo raznolikost pri višji starosti. Večja telesna aktivnost je bila povezana z večjo raznolikostjo glivnega mikrobioma in manjšim deležem S. cerevisiae. Vendar bi to lahko bil tudi učinek drugačne diete, ki so jo pogosto navajali udeleženci z večjo telesno aktivnostjo.
COBISS.SI-ID: 512875832
Medtem ko smo pri bakterijski taksonomiji dosegli dogovor o definiciji osnovne naravne enote t.j. vrste na nivoju genomov, pri razvrščanju bakteriofagov s tem šele dobro začenjamo. V tem delu na osnovi modelne skupine bakteriofagov pokažemo, da s bioinformacijsko analizo ANI ne dosežemo le osnovne klasifikacije bakteriofagov, ki je v soglasju s trenutno razvrstitvijo po ICTV, temveč te skupine dodatno razvrstimo v podskupine za katere na osnovi dodatnih testov in eksperimentalnih podatkov sklepamo, da bi te podskupine lahko predstavljale osnovno naravno enoto vrsto podobno kot pri bakterijah.
COBISS.SI-ID: 4063112
Vplivi mikrobiote na C. difficile so razmeroma dobro poznani, medtem ko smo vplive C. difficile na mikrobioto prvič opisali v naši skupini na modelu rasti mikrobiote v izrabljenem gojišču. V nadaljevanju the študij, ki jih objavljamo tukaj smo analizirali učinke C. difficile na mikrobioto v modelu ko-kulture. Tri seve iz različnih ribotipov (027, 014/020, 010) smo gojili skupaj z dvema tipoma črevesne mikrobiote odraslih oseb (zdravo in disbiotično). Uspešnost rasti se je razlikovala med sevi glede na tip mikrobiote, vsi sevi pa so bolje sporulirali v disbiotični mikrobioti. V ko-kulturi s C. difficile je črevesna microbiota kazala zmanjšano raznolikost. Učinki na disbiotično mikrobioto so bili večji kot učinki na zdravo mikrobioto. Skupno 62 OTUjev je bilo značilno spremenjenih pri disbiotični mikrobioti in 45 OTUjev pri zdravi mirkobioti. Pri obeh pa so bile spremembe v glavnem v skupinah Lachnospiraceae in Ruminococcaceae.
COBISS.SI-ID: 512824376
V študiji smo uporabili sistem 24 minibioreaktorjev (MBRA system) in v njih modulirali vzorec črevesne mikrobiote z različnimi kombinacijami antibiotika (klindamicin) in/ali polifenolnega ekstrakta (granatno jabolko, borovnica). Modilirane združbe smo izpostavili sporam C. difficile in spremljali njegovo rast in produkcijo dveh toksinov (citotoksičnost). Prav tako smo v različnih časovnih točkah analizirali sestavo fekalne mikrobiote v vsakem o bioreaktorjev. Polifenoli so vplivali na različne skupine v mikrobioti in so kazali tako sinergistične kot antagonistične učinke s klindamicinom. Uspešna rast C. difficile ej bila najbolje asocirana z zmanjšanjem Collinselle in nekaterih bakterij iz družine Lachnospiracea. V nasprotju s pričakovanji, da bodo polifenoli izboljšali kolonizacijsko rezistenco, smo ugotovili, da mikrobota izpostavljena polifenolom (v naših testnih koncentracijah) izgubi sposobnost kolonizacijske rezistence, podobno kot če bi jo tretirali z antibiotikom. V nekaterih bioreaktorjih nismo zaznali citotoksičnosti klub dobri rasti C. difficile. Po bioinformatski analizi, ki je pokazala, katere bakterijske vrste so s tem učinkom povezane, smo izolirali določene seve. Pokazali smo, da Clostridium sporogenes nevtralizira delovanje toksinov C. difficile in da je to posledica topne učinkovine, ki se izloča v stacionarni fazi. To je prvi opis C. sporogenes kot anatagonista C. difficile.
COBISS.SI-ID: 16205827
Tipične spremembe povezane z določenimi boleznimi so predmet številnih raziskav, s katerimi želijo raziskovalci ugotoviti diagnostične ali terapevtske tarče. Iz podobnega razloga smo v tej študiji analizirali bakterijsko (V3V4) in glivno (ITS) mikrobioto pri 121 bolnikih hospitaliziranih gastroenteroloških bolnikih ter jih primerjali s skupino 162 zdravih prostovoljcev. Analiza, ki je vključevala tudi pristope strojnega učenja, je pokazala, da v večini primerov ne moremo razlikovati skupin glede na diagnozo. Smo pa bolnike lahko razdelili v tri gruče, ki niso bile povezane z diagnozo. Te gruče predstavljajo tri tipe porušene mikrobiote. V gruči C1 je bila microbiota najmanj porušena, značilno zanjo je bilo znižanje ali odsotnost dveh rodov jederne mikrobiote, Roseburia in Faecalibacterium. Gruči C2 in C3 sta kazali močno porušeno mikrobioto, zmanjšani so bili skoraj vsi predstavniki jederne mikrobiote. Gruči sta se razlikovali v prevladujoči skupini bakterij, v C2 so bile to enterobakterije, v gruči C3 pa Enterococcus. Bolniki v slednji so imeli tudi povišane vnetne kazalce, predvsem CRP. Ti rezultati so prvi opis pomena analize glede na tip disbioze in ne glede na diagnozo. Prav tako so opis različnih tipov disbioze, ki so povezani s skupinami značilno povezanimi z razvojem večkratne odpornosti (ESBL, VRE).
COBISS.SI-ID: 33165351