Človeška plazma se vse pogosteje uporablja za raziskave zunajceličnih veziklov (EV) kot potencialnih biomarkerjev. Naš cilj je bil najti preprosto metodo obogatitve EV za zanesljivo kvantifikacijo EV v plazmi, ki bodo uporabni kot biomarker pri boleznih. Iz plazme desetih zdravih preiskovancev smo EV izolirali z dvema različnima postopkoma: z ultracentrifugiranjem na saharoznem gradientu (sUC) in z velikostno izključitveno kromatografijo (SEC). Velikost, koncentracijo in čistost veziklov smo preverili z analizo sledenja nanodelcev (NTA), z analizo frakcionacije v asimetričnem pretočnem polju (AF4-UV-MALS), s transmisijsko elektronsko mikroskopijo, z ELISA testi in s kvantifikacijo za EC specifičnih miRNA. Pokazali smo, da obogatitev EV iz plazme z metodo sUC vodi do visoke čistosti EV v vzorcih, kot tudii, da je metoda zelo ponovljiva. Pri kvantifikaciji EV izoliranih s sUC z NTA ali AF4-UV-MALS je bila relativna standardna deviacija velikosti EV, izmerjene v neodvisno obdelanih vzorcih iz istega plazemskega vira, le 5,4% oziroma 2,1%. Metoda obogatitve EV sUC EV je torej združljiva z zanesljivim določanjem koncentracije in velikosti EV v plazmi in se lahko uporablja na večjih skupinah preiskovancev za odkrivanje biomarkerjev pri različnih boleznih.
COBISS.SI-ID: 41337603
Izpostavljenost azbestu je povezana z razvojem plevralnih plakov in tudi z malignim mezoteliomom (MM). Azbestna vlakna aktivirajo makrofage, kar vodi do sproščanja vnetnih mediatorjev, vključno z interlevkinom 1 beta (IL-1ß). Na izražanje IL-1ß lahko vpliva genetska variabilnost gena IL1B ali regulatornih mikroRNA (miRNA). Namen raziskave je bil ovrednotiti vpliv polimorfizmov v genih IL1B in MIR146A na tveganje za nastanek plevralnih plakov in MM. Pri 394 bolnikih s plevralnimi plaki, 277 bolniki z MM in 175 zdravih kontrolah smo z genotipizacijo preverili prisotnost polimorfizmov IL1B in MIR146A. V statistični analizi smo uporabili logistično regresijo. Genotipa MIR146A in IL1B nista bila povezana s tveganjem za pojav plevralnih plakov. MIR146A rs2910164 je bil pomembno povezan z zmanjšanim tveganjem za MM (OR = 0,31, 95% IZ = 0,13-0,73, p = 0,008). Nosilci dveh polimorfnih alelov so imeli manjše tveganje za razvoj MM tudi po prilagoditvi glede na spol in starost (OR = 0,34, 95% IZ = 0,14-0,85, p = 0,020). Med bolniki z znano izpostavljenostjo azbestu so imeli nosilci vsaj enega polimorfnega alela IL1B rs1143623 tudi pri multivariatni analizi manjše tveganje za MM (OR = 0,50, 95% IZ = 0,28-0,92, p = 0,025). Interakcija med IL1B rs1143623 in IL1B rs1071676 je bila pomembno povezana s povečanim tveganjem za MM (p = 0,050). Naše ugotovitve kažejo, da bi genetska variabilnost vnetnega mediatorja IL-1ß lahko prispevala k tveganju za razvoj MM, ne pa tudi plevralnih plakov.
COBISS.SI-ID: 31426819
Maligni mezoteliom (MM) je redka, vendar usodna bolezen z malo možnosti zdravljenja. Težavno je tudi postavljanje diagnoze in spremljanje odgovora na zdravljenja. Raziskovanje na področju diagnostičnih in napovednih bioloških označevalcev zato intenzivno poteka že več kot trideset let. Namen študije je bil raziskati matriksno metaloproteinazo 9 (MMP9) kot potencialen serumski biooznačevalec pri odgovoru na zdravljenje in preživetju bolnikov z MM. Raziskali smo tudi vpliv genskih polimorfizmov MMP9 na koncentracijo MMP9 v serumu. V študijo smo vključili 110 bolnikov z MM pri katerih so bili predhodno genotipizirani pogosti polimorfizmi MMP9. Serumski vzorci so bili zbrani pred in po zdravljenju s kemoterapijo ter ob napredovanju bolezni. Serumske koncentracije MMP9 smo izmerili z ELISA testom. Povezavo med odgovorom na zdravljenje in serumsko koncentracijo MMP9 ter polimorfizmi MMP9 smo preverili z z neparametričnimi testi, ter z logistično in Coxovo regresijo. Srednja serumska koncentracija MMP9 je bila 706,7 (499,6-1224,9) ng/ml pred kemoterapijo, 440,5 (255,9-685,2) ng/ml po zaključeni kemoterapiji ter 502,8 (307,2-851,4) ng/ml ob napredovanju bolezni. Po kemoterapiji je imelo 87 (79,8%) bolnikov nižjo serumsko koncentracijo MMP9 s srednjo vrednostjo spremembe -286,3 (-607,3 do -70,2) ng/ml (p(0,001). Ob napredovanju bolezni je imelo 47 (65,3%) bolnikov nižjo serumsko koncentracijo MMP9 v primerjavi z vrednostmi pred zdravljenjem, srednja vrednost spremembe je bila -163,7 (-466,6 do 108,6) ng/ml (p=0,001). Bolniki s slabšim stanjem zmogljivosti so imeli višje serumske koncentracije MMP9 pred zdravljenjem (p=0,010). Med raziskanimi polimorfizmi smo le pri rs7576 dokazali povezavo s serumsko koncentracijo MMP9 pred kemoterapijo (p=0,041). Čeprav se je srednja vrednost serumskih koncentracij MMP9 pred in po zdravljenju MM značilno razlikovala, pa ni imela zadostne napovedne vrednosti, da bi bila uporabna kot samostojen označevalec. Serumska koncentracija MMP9 lahko služi kot diagnostični in napovedni biološki označevalec le v povezavi z drugimi biološkimi označevalci.
COBISS.SI-ID: 3235963
Izpostavljenost azbestu je povezana s povečanim tveganjem za razvoj več bolezni, vključno z malignim mezoteliomom (MM). Izražanje mezotelina, glikoproteina celične membrane, je povečano pri MM in serumski topni z mezotelinom povezani peptidi (SMRP) so že bili predlagani kot diagnostični in prognostični biološki označevalec za MM. Vendar pa interindividualna variabilnost ravni serumskih SMRP omejuje njihovo klinično uporabnost. Primarni namen raziskave je bil preučiti vpliv MSLN rs1057147 na raven SMRP v serumu pri preiskovancih, izpostavljenih azbestu, in bolnikih z azbestni boleznimi, kot tudi na preživetje pri bolnikih z MM. Med 782 preiskovanci, izpostavljenimi azbestu, in bolniki z azbestnimi boleznimi, jih je 154 imelo MM. Serumske ravni SMRP so bile določene z encimsko imunoadsorpcijskim testom (ELISA). Vsi preiskovanci so bili genotipizirani za polimorfizem MSLN rs1057147 s kompetitivno alelno-specifično verižno reakcijo s polimerazo. Za primerjavo različnih skupin so bili uporabljeni neparametrični testi, logistična in Coxova regresija. Bolniki z MM so imeli statistično značilno višjo raven SMRP kot ostali preiskovanci (p(0,001). V primerjavi z nosilci dveh normalnih alelov MSLN rs1057147 so imeli heterozigoti in nosilci dveh polimorfnih alelov statistično značilno višjo raven SMRP pri preiskovancih brez MM (p(0,001), vendar ne pri bolnikih z MM (p=0,424). Če smo v analizi upoštevali podatke o genotipu, se je specifičnost SMRP za optimalno mejno vrednost povečala s 88,5% na 92,7%. Celokupno preživetje je bilo statistično značilno nižje pri bolnikih z MM, ki so imeli vsaj en polimorfen alel rs1057147 (HR=1,72, 95% CI=1,15-2,55, p=0,008). Zaključimo lahko, da genetska variabilnost MSLN vpliva na nivo SMRP in je povezana s preživetjem bolnikov z MM. Kombinacija genetskih in serumskih dejavnikov bi zato lahko služila kot boljši diagnostični ali prognostični biološki označevalec pri bolnikih z MM.
COBISS.SI-ID: 34748377
Med bolniki, zdravljenimi s kemoterapijo, obstajajo velike razlike v uspešnosti zdravljenja. V naši raziskavi smo želeli pripraviti klinično-farmakogenetski model, na podlagi katerega bi lahko napovedali odgovor na zdravljenje s kombinacijo gemcitabina in cisplatina ali pemetrekseda in cisplatina pri bolnikih z malignim mezoteliomom (MM). V raziskavo smo vključili 189 bolnikov z MM, pri katerih smo določali polimorfizme v genih, povezanih z metabolizmom, transportom in delovanjem kemoterapije. V klinično-farmakogenetski model odgovora na gemcitabin in cisplatin smo vključili nivo CRP, histološki tip, status zmogljivosti ter polimorfizme RRM1 rs1042927, ERCC2 rs13181, ERCC1 rs3212986 in XRCC1 rs25487. Model je imel 61.5 % občutljivost in 81.2 % specifičnost. V klinično-farmakogenetski model odgovora na pemetreksed in cisplatin smo vključili nivo CRP ter polimorfizma MTHFD1 rs2236225 in ABCC2 rs2273697. Model je imel 75.0 % občutljivost in 60.7 % specifičnost. Bolniki z več dejavniki tveganja so imeli krajši čas do napredovanja bolezni in krajše celokupno preživetje. Oba modela smo tudi validirali v neodvisnih skupinah bolnikov. Na podlagi klinično-farmakogenetskih modelov smo pripravili algoritem, ki bi omogočal izbor najbolj ustreznega zdravljenja za posameznega bolnika z MM. V naši raziskavi bi ustrezno zdravljenje lahko izbrali za kar 85.5 % bolnikov, kar bi lahko pomembno izboljšalo odgovor na zdravljenje in preživetje teh bolnikov.
COBISS.SI-ID: 2641275