V doktorski disertaciji smo se osredotočili na efektorske proteine, ki smo jih želeli določiti z analizo razpoložljivih genomskih in proteomskih podatkov ter rezultatov RNA-Seq eksperimentov ter jih potrditi z mutacijsko analizo. Anotiranim genskim modelom glive V. nonalfafae (9269) smo z bioinformacijskimi orodji najprej določili in silico sekretom (944), ki je obogaten z encimi, ki so vpleteni v razgradnjo celičnih sten, s proteazami, lipazami, kutinazami in oksidoreduktazami, kar sovpada s patogenezo glive V. nonalfalfae kot hemibiotrofom. Nadalje smo identificirali genske modele izražene in planta (766), predvideli kandidatne sekretorne efektorske proteine (263) ter izbrali najboljše kandidate na podlagi razvrščanja po lastnostih že potrjenih glivnih efektorjev. V odpornih in neodpornih rastlinah hmelja po okužbi z V. nonalfalfae smo z RT-qPCR določili ekspresijo najbolj obetavnim (44) kandidatom. Z uporabo ATMT metode smo pripravili delecijske mutante petim izbranim efektorskim genom in umetno okužili neodporne sorte hmelja. Bolezenska znamenja smo ocenili z bolezenskim indeksom ter z izračunanimi vrednostmi rAUDPC. Bioinformacijski postopek za določanje efektorjev se je izkazal za relativno učinkovitega, saj smo z njim potrdili že prej določena efektorja VnaSSP4.2 in VnaUn.279 glive V. nonalfalfae. Delecijski mutant ?Vna1.565 je kazal zakasnelo virulenco, ?Vna8.691 pa povečano virulenco, medtem ko pri ostalih treh delecijskih mutantih nismo zaznali statistično značilnih razlik v primerjavi z divjim tipom glive, kljub njihovi visoki ekspresiji in planta. Njihova potencialna vloga v patogenezi glive je obravnavana v razpravi.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 926327V okviru te doktorske disertacije smo okarakterizirali kandidatna efektorska proteina VnaChtBP in VnaSSP4.2, ki smo ju izbrali na osnovi predhodnih študij. S konfokalno mikroskopijo smo pri modelni rastlini Nicotiana benthamiana ugotovili nukleo-citosolno subcelično lokalizacijo obeh izbranih CSEPs. Z infiltracijo rekombinantnih proteinov VnaChtBP in VnaSSP4.2 v različne rastline nismo uspeli potrditi hipoteze o njihovi vpletenosti v PTI ali ETI odziv. Ugotovili smo, da se efektor VnaChtBP specifično veže na hitin in ščiti glivo pred razgradnjo z rastlinskimi hitinazami. Pokazali smo, da se rekombinantni protein VnaSSP4.2 veže na molekule PIP, kardiolipin in sulfatid, ki so opisani kot modulatorji imunskega odziva.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 933239Z razvojem visoko zmogljivih -omskih tehnologij se je pojavilo večje število raziskav osredotočenih na glivne genome in interakcije z gostiteljskimi rastlinami ter podzemnimi mikrobiomi. Poleg tega, je bilo identificiranih na stotine efektorjev patogenov, izločenih molekul, ki med okužbo rastline modulirajo strukturo in delovanje gostiteljskih celic. Nekateri teh efektorjev služijo kot dragocena orodja v efektoromiki in se izkoriščajo za pospešeno in izboljšano identifikacijo imunskih receptorjev v sodobnem žlahtnjenju rastlin na odpornost. Patogenomika močno prispeva k poglobljenemu razumevanju mehanizmov patogenosti in virulence patogenov, kot tudi obrambi in odpornosti gostitelja, s čimer se utira pot novim strategijam nadzora. Zaradi nedavnega pojava je patogenomika vrst Verticillium tako mlada kot zahtevna in k njenemu razvoju na tem področju prispevajo znanstveniki po vsem svetu. Usklajevalni ukrepi, skupna prizadevanja in odprte razprave bi pripomogli k boljši usmeritvi raziskav k skupnemu cilju - učinkovitemu nadzoru tega patogena.
C.03 Vabljeni urednik revije (guest-associated editor)
COBISS.SI-ID: 523338009Metodi agroinfiltracije in lokalizacije efektorjev smo prenesli na vaje 3. letnika študija Biotehnologije, predmet Biotehnologija rastlin.
D.10 Pedagoško delo
COBISS.SI-ID: 9344377Iz našega laboratorija smo metodo agroinfiltracije in analize ločenih listov iz N. benthamiana in Verticillium nonalfalfae prenesli na drug patosistem na prošnjo uporabnikov iz Kmetijskega inštituta. Tako so lahko uspešno odbrali rastline krompirja z odpornostnim genom R8.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 5818728