V oktobru 2017 smo v Laboratoriju za molekularno genetiko, Inštituta za sodno medicino, Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, pod organizacijo in vodstvom vodje projekta izvedli 3-dnevno mednarodno izobraževalno delavnico “Ancient DNA extraction course”, ki so se je udeležili forenzični raziskovalci iz Italije. Delavnica je bila zasnovana na eksperimentalnem individualnem delu s starodavnimi kostmi in je udeležencem omogočila neposreden pristop k DNA-tipizaciji kosti. Udeleženci so sami izvedli obdelavo kosti (mehanično in kemično čiščenje, rezanje in mletje v prah v prisotnosti tekočega dušika), dekalcifikacijo kostnega prahu, ekstrakcijo DNA, čiščenje DNA, kvantifikacijo DNA z metodo PCR v realnem času, DNA-tipizacijo jedrnih področij STR, elektroforetsko ločevanje pomnoženih fragmentov in oceno rezultatov tipizacije DNA. Delavnica je bila zasnovana tako, da je omogočila višji nivo izobraževanja že izkušenim raziskovalcem, ki poznajo tehnologijo tipizacije DNA. Delavnico smo izvedli v forenzičnem molekularno-genetskem laboratoriju, ki je opremljen in namenjen izključno obdelavi starih kosti in zob.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 33490649V Laboratoriju za molekularno genetiko, Inštituta za sodno medicino, Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani je bila pod mentorstvom vodje projekta opravljena Prešernova naloga, ki je bila nagrajena s strani Medicinske fakultete s fakultetno Prešernovo nagrado za leto 2017. Raziskovali smo, ali so za genetsko tipizacijo starih skeletnih ostankov poleg priporočljivih kosti (senčnica, stegnenica in zob) primerne tudi drobne kosti dlani in stopal (dlančnice, stopalnice in prstnice). Postavili smo si tri hipoteze (1. količina ohranjene starodavne DNA iz senčnic, zob in stegnenic je primerljiva tisti v drobnih kosteh končnih delov udov (dlančnice, stopalnice in prstnice), 2. uspešnost tipizacije področij STR starodavne DNA iz senčnic, zob in stegnenic je primerljiva tisti iz drobnih kosti končnih delov udov in 3. uspešnost tipizacije področij STR starodavne DNA je močno povezana s količino izolirane starodavne DNA). V raziskavo je bilo vključenih 93 vzorcev kosti iz 13 skeletov iz slovenskih arheoloških najdišč. Pri vsakem skeletu smo vzorčili 6 skeletnih elementov (senčnica, zob, stegnenica, dlančnica, stopalnica in prstnica). Pri vsakem izmed 13 skeletov smo uspeli pridobiti kompletni ali vsaj delni genetski profil iz najmanj enega analiziranega skeletnega elementa. Za genetsko tipizacijo ni bilo primernih približno polovica vzorcev. Rezultati so potrdili vse tri hipoteze. Količina ohranjene starodavne DNA iz senčnic, zob in stegnenic je bila primerljiva s tisto iz drobnih kosti končnih delov udov. Enako velja za uspešnost tipizacije področij STR starodavne DNA, ki je primerljiva med preiskovanimi skeletnimi elementi. Uspešnost tipizacije področij STR in količina izolirane DNA za posamezni skeletni element sta bili močno povezani. Ugotovili smo, da bi bilo za genetsko tipizacijo starih skeletov smiselno poleg senčnic, stegnenic in zob vzorčiti tudi stopalnice, dlančnice in prstnice. Za zanesljivejše zaključke bi bilo potrebno obdelati večje število skeletov in hkrati razširiti nabor drobnih kosti dlani in stopal.
E.01 Domače nagrade
COBISS.SI-ID: 3898388Na konferenci na Portugalskem smo predstavili visoko učinkovito ekstrakcijsko metodo, ki smo jo razvili v našem laboratoriju za pridobitev DNA iz starih človeških skeletnih ostankov. Za oceno ekstrakcijske metode smo obdelali preko 150 kosti in zob iz obdobja druge svetovne vojne. Prikazali smo postopke za obdelavo kosti (mehansko in kemično čiščenje, rezanje in mletje v prah ob prisotnosti tekočega dušika), popolno demineralizacijo kostnega in zobnega prahu, ekstrakcijo DNA, čiščenje DNA s tehnologijo magnetnih delcev, kvantifikacijo in tipizacijo DNA. Opisali smo najprimernejše tipe kosti in zob za genetske analize in ukrepe za preprečevanje kontaminacije v genetskem laboratoriju. Predstavili smo tudi nekaj primerov identifikacij žrtev masovnih grobišč iz obdobja druge svetovne vojne, s poudarkom na primeru 88 žrtev, izkopanih iz masovnega grobišča Konfin I. Za 44 žrtev smo uspeli najti še živeče sorodnike in genetske profile 84 desnih stegnenici smo primerjali s profili sorodnikov. Za identifikacijo žrtev grobišča Konfin I smo pridobili tako bližnje kot daljne sorodnike (brate, sestre, sinove, hčerke, nečake, sestrične, bratrance), zato smo tipizirali avtosomno jedrno DNA, kromosom Y, ki se deduje po očetu in mitohondrijsko DNA (mtDNA), ki se deduje po materi. Iz skoraj vseh kosti smo uspeli pridobiti kompletne genetske profile avtosomske jedrne DNA, kromosoma Y in mtDNA, kar nam je omogočilo identifikacijo 32 žrtev.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 33673177