Živčni rastni dejavnik (NGF) deluje pri vzdrževanju in rasti populacij nevronov. Kljub natančnemu poznavanju vloge NGF v fiziologiji nevronov še vedno primanjkuje znanje o strukturnih in mehanističnih dejavnikih bioaktivnosti NGF, ki jo modulirajo vitalni endogeni ligandi. Predstavljamo rezultate integriranega strukturnega in naprednega računskega pristopa za karakterizacijo zunajcelične interakcije ATP-NGF. Z NMR smo preiskali interakcijsko površino in orientacijo ATP na NGF. Z uporabo SPR smo odkrili funkcionalno vlogo te interakcije pri vezavi na receptorja TrkA in p75NTR. V povezavi z ATP smo raziskali tudi vlogo dvovalentnih ionov. Naši rezultati opredeljujejo ATP kot verjetni kratkotrajni molekularni modulator signalizacije NGF v zdravem in bolezenskem stanju.
COBISS.SI-ID: 62353155
Sterol 14[alfa]-demetilaza (CYP51) je glavna tarča za zdravljenje glivnih okužb. Povečanje incidence oportunističnih glivnih okužb po vsem svetu in naraščajoča odpornost proti azolnim protiglivnim zdravilom povečujeta potrebo po razvoju strukturno različnih in selektivnih glivnih zaviralcev CYP51. V tem delu smo prvič raziskali vezavo piridiletanol(feniletil) aminov na kateri koli glivni CYP51. Primerjava vezave na Candida albicans in človeški CYP51, preučena s spektroskopskimi in računskimi metodami, je pokazala strukturne elemente teh spojin, ki so odločilni za selektivnost in učinkovitost in pripeljala do razvoja visoko selektivnih derivatov s pomembno zvišano zaviralno aktivnostjo. Strukturni vpogled v zahteve za selektivnost tega novega kemijskega razreda glivnih zaviralcev CYP51, njihove edinstvene vezavne lastnosti in nizka molekulska masa vodilnih derivatov ponujajo nove usmeritve za ciljni razvoj protiglivnih kliničnih kandidatov.
COBISS.SI-ID: 37513219
Mur ligaze tvorijo vrsto zaporednih encimov, ki sodelujejo v znotraj celičnih korakih biosinteze bakterijskega peptidoglikana. Zato predstavljajo zanimive cilje za odkrivanje antibakterijskih zdravil. MurC, D, E in F so vse od ATP odvisne ligaze. Skladno s tem, da bi našli večkratne zaviralce teh encimov, smo rešetali zbirko ATP-kompetitivnih zaviralcev kinaze, na Escherichia coli MurC, D in F in identificirali pet obetavnih framakofor, ki zavirajo vsaj dve od teh ligaz. Spojine 1, 2, 4 in 5 so večkratni zaviralci celotne kaskade MurC do MurF, ki delujejo v mikromolarnem območju (IC50, 32 - 368 mikroM). Študije vezave z uporabo NMR in študije kinetike izvedene na aza-stilben derivatu 1, so presenetljivo pokazale, da deluje kot kompetitivni zaviralec aktivnosti MurD proti D-glutaminski kislini, poleg tega pa tudi, da je njegova vezava v vezavno mesto D-glutaminske kisline neodvisna od zapiranja encima, ki ga spodbuja ATP
COBISS.SI-ID: 4715633
Rožmarinka kislina je fitokemikalija z raznolikim farmacevtskim profilom. Sestavljena je iz dveh gradnikov: kofeinske kisline in (3,4-dihidroksifenil)hidroksipropanojske kisline. Profil interakcij, ki je odgovoren za dostavo rožmarinske kisline in njenih dveh substruktur s serumskim albuminom, ostaja neraziskan. Da bi to raziskali, smo vzpostavili novo poceni in učinkovito metodo za proizvodnjo dihidroksifenil propanojske kisline iz matične spojine. Za preiskavo profila interakcij rožmarinske kisline in njenih dveh sestavnih substruktur z različnimi vezavnimi mesti serumskega albumina smo uporabili fluorescenčno spektroskopijo in kompetitivnimi NMR eksperimenti z diferenčnim prenosom nasičevanja. Te študije smo dopolnili še z prenesenim NOESY NMR eksperimentom. Termodinamika vezavnega profila rožmarinske kisline in njenih substruktur je bila obravnavana z izotermično titracijsko kalorimetrijo. Z in-silico študijami vezave, ki so temeljile na NMR eksperimentalnih podatkih, smo na atomskem nivoju ugotovili nadaljnje podrobnosti o načinu vezave rožmarinke kisline in njenih substruktur.
COBISS.SI-ID: 6800922
Manan (polisaharid), konjugiran s peptidom mielinskega oligodendrocitnega glikoproteina (MOG), in sicer (KG)5MOG35-55, predstavlja močan in obetaven nov pristop za imunoterapijo multiple skleroze (MS). Ugotovili smo, da je epitop MOG35-55, konjugiran z oksidirano obliko manan (polimanozo) preko (KG)5 linkerja, zaviral simptome MOG35-55-induciranega eksperimentalnega avtoimunskega encefalomielitisa (EAE) pri miših z uporabo profilaktičnih in terapevtskih cepilnih protokolov. Deamidacija je pogosta sprememba v peptidnih in proteinskih sekvencah, zlasti za ostanke Gln in Asn. V tej študiji smo raziskali strukturni motiv deamidiranih peptidov v raztopini in njegove funkcionalne učinke v živalskem modelu za MS. Sintetizirali smo več peptidov, ki temeljijo na epitopu MOG35-55, pri čemer je bil Asn53 nadomeščen z Ala, Asp ali isoAsp. Naši rezultati kažejo, da so bili sintetizirani MOG peptidi pretvorjeni v deamidirane produkte v bazičnih pogojih, Asn53 je bil v glavnem spremenjen v Asp. Oba peptida (divji tip in deamidirani derivat), konjugirana z manan (iz Saccharomyces cerevisiae), sta neodvisno zavirala razvoj nevroloških simptomov in vnetnih demielinizacijskih lezij hrbtenjače pri EAE, ki ga povzroča MOG35-55. Manan, konjugiran z deamidiranim produktom, ni vplival na učinkovitost matičnega peptida.
COBISS.SI-ID: 33074947