Kampilobakterioza je najpogosteje prijavljena bakterijska bolezen v EU, ki se prenaša s hrano. Namen raziskave je bil primerjati PCR v realnem času (qPCR) in digitalni PCR (dPCR) za kvantifikacijo bakterij Campylobacter jejuni v vzorcih vratne kože brojlerjev iz klavne linije v perutninski klavnici ter klasično števno metodo z gojenjem po ISO 10272-2 standardu. Rezultati so pokazali, da ima metoda qPCR zanesljivo mejo zaznavanja (rLOD) in mejo kvantifikacije (LOQ) v območju teoretičnih mej. Obe meji rLOD in LOQ pa sta bili nad kritično mejo za stopnjo kontaminacije s C. jejuni na koži piščancev po priporočilih EFSA, zato predlagamo spremembo postopka v pripravi vzorcev (manj redčenja) pred izolacijo DNA. Opazili smo močno in statistično značilno korelacijo med qPCR in dPCR. Obe metodi PCR sta se značilno ujemali s klasično števno metodo, vendar je bila korelacija zmerna. Metoda dPCR je izkazovala značilen odklon proti precenjevanju števila, verjetno zaradi relativno velikega števila lažno pozitivnih zadetkov. Linearno dinamično območje je bilo pri obeh metodah PCR primerljivo, a se je metoda qPCR glede rutinske uporabe izkazala za primernejšo.
COBISS.SI-ID: 4280442
Ovrednotili smo učinkovitost alternativnih protibakterijskih snovi - izvlečkov stranskega proizvoda vinarstva - grozdnih tropin sorte Modri pinot (GSS), ter izolirane učinkovine resveratrol, na bakterije C. jejuni ter analizirali mehanizme bakterijske odpornosti z mutanti v tarčnih genih izlivnih črpalk (cmeB, cmeR, cmeF). Pokazali smo aktivnost efluksnih sistemov CmeABC v mehanizmu odpornosti proti GSS ter resveratrolu, poleg tega pa tudi zmanjšanje adhezivnosti kampilobaktrov na modelno površino polistirena in izbrane celične linije ob subinhibitornih koncentracijah izvlečka in resveratrola. Aktivnost in načini protibakterijskega delovanja naravnih snovi določajo mehanizme odpornosti kampilobaktrov, poznavanje obojega pa nadaljnje korake pri aplikaciji novih alternativnih in inovativnih postopkov pri nadzoru kontaminacije z bakterijami C. jejuni v živilski industriji.
COBISS.SI-ID: 4699768
Preverili smo protimikrobni učinek izvlečka plodov Euodia ruticarpa (EREE) in posameznih frakcij izvlečka (frakcija Q, evodiamin, rutekarpin) ter njihov vpliv na preprečevanje filmotvornosti referenčnega seva C. jejuni NCTC 11168 in njegovih mutantov cmeB ter luxS, na površini nerjavnega jekla. Vpliv testiranih učinkovin smo spremljali tudi na nivoju prisotnosti signalnih molekul AI-2. Pri preprečevanju adhezivnosti in filmotvornosti na nerjavnem jeklu sta bila najbolj učinkovita pripravka EREE in frakcija Q (z 41,7 % deležem evokarpina), ki sta vplivala tudi na koncentracijo molekul AI-2, določenih z luminiscenco poročevalskega seva Vibrio harveyi BB170. Raziskava ponuja smernice za nadaljnje raziskave filmotvornosti ter pojav in širjenje odpornosti bakterij C. jejuni proti obstoječim protimikrobnim sredstvom v iskanje novih alternativnih sredstev naravnega izvora.
COBISS.SI-ID: 4651384
V okviru te raziskave smo preučili pomen agroživilskega okolja (vključno s klavniškim) ter naravnega okolja (površinskih vod in divjih živali) za prenos bakterije C. jejuni na človeka. V raziskavi smo pridobili 410 izolatov C. jejuni, izoliranih iz živali, klavnic, mesa, naravnega okolja in humanih kliničnih primerov iz držav Srednje Evrope (Slovenija, Avstrija in Nemčija). Korelacijo med izvorom in genotipom, določenim s hkratnim pomnoževanjem PCR šestih genov (metoda mPCR), smo ovrednotili z algoritmom STRUCTURE. Sevi so se razvrstili v tri podskupine, ki so se večinoma skladale z analizo klonskih kompleksov (CC) MLST. Ugotovili smo, da se izolati iz perutnine, drobnice in iz naravnega okolja, med seboj genetsko razlikujejo. Prav tako so rezultati potrdili, da so izolati iz agroživilske verige zelo pogosto povzročajo oboljenje pri ljudeh, medtem ko izolati iz naravnega okolja le redko (okoli 7 %) povzročajo okužb ljudi.
COBISS.SI-ID: 4777336
Predstavljeno je bilo ugotavljanje patogenov v kompleksnih vzorcih z naključnim sekvenciranjem, sekvenciranjem celotnih genomov gospodarsko pomembnih respiratornih in enteričnih virusov ter bakterijskih izolatov. Sekvenciranje celotnih genomov omogoča analizo specifičnih genetskih zapisov, kot so determinante virulence in odpornosti, ter filogenetsko analizo na ravni celotnega genoma.
COBISS.SI-ID: 4676474