Objava v prestižni reviji Current biology (IF=8.9) razkrije molekularne mehanizme sorodstvenega razlikovanja med talnimi sevi Bacillus subtilis. S pomočjo metod transpozonske mutageneze, genetike, transkriptomike, primerjalne genomike in testa rojenja smo v sodelovanju s skupino s Harvarda ugotovili, da je sorodstveno razlikovanje posledica razlik v genih, ki kodirajo 1) toksine/antibiotike ter antitoksine/antibiotično odpornost, 2) oblikujejo celično steno, 3) vplivajo na sintezo zunajceličnih polisaharidov in 4) regulirajo stresni odziv na poškodbo ovojnice, na stradanje. V splošnem so KD geni direktno ali indirektno povezani z antagonističnimi interakcijami. V genomih sevov B. subtilis smo našli različne kombinacije genov za napad in obrambo in razlike v prisotnosti/odsotnosti teh so se večale s filogenetsko oddaljenostjo med sevi. Torej sorodstveno razlikovanje (KD) temelji na kombinaciji več genskih determinant. Tak kombinatorni sistem razlikovanja omogoča visoko natančnost in hitro prilagajanje na kompeticijo s strani bakterij, ki pogosto zavzemajo prekrivajočo ekološko nišo ter omogoča stabilizacijo kooperativnosti med sorodniki. Članek je bil citiran že 6 krat.
COBISS.SI-ID: 4636280
Gre za poglavje v knjigi z naslovom ˝How to overcome the antibiotic crisis: facts, challenges, technologies and future perspectives” (Springer), v katerem smo v sodelovanju z raziskovalci Helmholtz Centre for Infection Research (HZI, Nemčija), ki so tuji sodelujoči partnerji tudi v okviru tega projekta, opisali novejše pristope pri razvoju protibakterijskih učinkovin za zdravljenje infekcij, ki jih povzročajo prav večkratno odporni patogeni. Pristopi se nanašajo predvsem na tri učinkovine, ki jih razvijajo v inštitutu HZI. Eno od opisanih učinkovin, analog nenavadnega tetraciklinskega antibiotika kelokardina, ki je trenutno v predklinični evalvaciji, raziskovalci Biotehniške fakultete in Acies Bio d.o.o. (slovenski partnerji znotraj tega projekta) trenutno razvijajo v sodelovanju z inštitutom HZI, kar je tudi opisano v poglavju te publikacije.
COBISS.SI-ID: 4704120
V tem delu, ki je zasnovano na metodoloških pristopih pomembni za izvedbo tega projekta, smo določali strukturo in dinamiko biološko pomembnih polimernih mešanic, ki posnemajo zunajcelični polimerni matriks nativnih biofilmov, ki jih dela B. subtilis. Ti bioflim vsebujejo velike koncentracije neionskega polisaharida levana poleg drugih polimerov v nižjih koncentracijah, kot so eDNA in proteini. Z uporabo dinamične reologije, sipanja X-žarkov pod majhnimi koti, dinamičnega sipanja svetlobe, mikroskopije, denzitometrije in meritev hitrosti potovanja zvoka smo zaključili, da dodatek eDNA levanu poveča vsikoznost, pseudoplastičnost in elastičnost sistema. Dodatek proteinov poveča rigidnost sistema, medtem ko je levan predvsem molekula, ki zapolni prostor polimerne mešanice. Mehanske lastnosti modelnih polimernih mešanic so bile primerljive mehanskim lastnostim nativnih biofilmov.
COBISS.SI-ID: 1537177283