Spletno orodje za napoved skupin mobilnosti bakerijskih plazmidov in njihovih potencialnih gostiteljev. Orodje je zelo uporabno za širšo skupino raziskovalnih področij, ki vljučujejo analizo širjenja odpornosti na antibiotike. Članek, ki opisuje orodje je v postopku objave.
F.11 Razvoj nove storitve
COBISS.SI-ID: 1539179972Predavanje v okviru Seminarja računalništva in informatike na univerzi FAMNIT, Univerza na Primorskem, kjer sem predstavil najnovejše metode in rezultate, pridobljene z orodji za napovedovanje strukture molekule DNA, za analizo regulatornih regij v različnih bakterijskih procesih.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 1539180228Predstavitev na letnem simpoziju / sestanku konzorcija univerz in strokovnjakov s področja analize in napovedi strukturnih lastnosti RNA in DNA molekul. Zaradi problema odpornosti na protimikrobna zdravila je modeliranje procesov horizontalnega prenosa genov zelo pomembno področje. Med procesi je najbolj razširjena in škodljiva konjugacija. Prenos plazmidov med rezličnimi gostitelji omogoča hranjenje in širjenje genov za odpornost. Predstavil bom nov pristop k analizi plazmidov, ki temelji na intepretaciji regulatornih regij DNA kot substratov za relaksacijske encime. Statistično smo preverili hipotezo, da imajo substrati številne ohranjene strukturne lastnosti znotraj skupin sorodnih encimov in da lahko z računalniško predikcijo teh lastnosti veliko bolj natančno razločimo ohranjene predele kot pa lahko z analizo nukleotidnih zaporedij. Novo reprezentacijo DNA s strukturnimi lastnostmi smo sklopili z bioinformatskimi algoritmi in razvili orodje za ugotavljanje mobilnosti plazmidov, s katerimi lahko napovemo celo nabor potencialnih gostiteljev. Orodje je tako zmogljivo, da omogoča iskanje novih substratov DNA, in z njim smo identificirali stotine še neznanih takšnih regij DNA. Naša orodja za napovedovanje strukturnih lastnosti DNA in določanje mobilnosti ter nabor gostitljev plazmidov smo implementirali kot spletna orodja na strežniku http://dnatools.eu. Vzpostavljamo tudi orodje za strukturno poravnavo DNA, ki bo omogočalo razpoznavanje številnih novih substratov DNA, ki jih z dosedanjimi orodji ni bilo mogoče odkriti.
B.06 Drugo
COBISS.SI-ID: 1539179716