Projekti / Programi
Razvoj proteinske mikromreže za raziskavo tumorskega proteoma pri raku želodca
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P004 |
Naravoslovno-matematične vede |
Biokemija, presnova |
| B200 |
Biomedicinske vede |
Citologija, onkologija, kancerologija |
rak želodca, onkogeneza, proteinske mikromreže, bio-čipi, proteinski markerji, onkoproteini, proteom
Raziskovalci (8)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
18622 |
dr. Nataša Debeljak |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2007 - 2009 |
0 |
| 2. |
18529 |
Dubravka Germ |
|
Tehnični sodelavec |
2007 - 2009 |
0 |
| 3. |
21395 |
dr. Petra Hudler |
Medicina |
Raziskovalec |
2007 - 2009 |
0 |
| 4. |
13839 |
mag. Robert Juvan |
Onkologija |
Raziskovalec |
2007 - 2009 |
0 |
| 5. |
28916 |
dr. Damjana Kastelic |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2008 - 2009 |
0 |
| 6. |
24562 |
Helena Klavžar |
Biokemija in molekularna biologija |
Tehnični sodelavec |
2007 - 2009 |
0 |
| 7. |
06135 |
dr. Radovan Komel |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
2007 - 2009 |
0 |
| 8. |
01528 |
dr. Stanislav Repše |
Onkologija |
Raziskovalec |
2007 - 2009 |
5 |
Organizacije (2)
Povzetek
Incidenca in smrtnost raka želodca sta v večini razvitih držav v upadanju, vendar kljub temu ta vrsta raka ostaja pri vrhu zdravstvenih problemov kot četrti najpogostejši rak na svetu in kot drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi rakavih obolenj. Večina primerov je zaradi oligosimptomatske narave poteka bolezni odkritih v poznih fazah njenega razvoja.
Naš cilj je preučiti in združiti transkriptom s proteinskimi ekspresijskimi (izraževalnimi) vzorci v gastričnih tumorskih celicah in tako prispevati pri določanju molekularnih osnov, ki so ključne za razvoj bolezni. Namen študije je izdelati proteinsko onko-mikromrežo na osnovi fenotipskih markerjev iz tumorskih in predkanceroznih celic, ki bi lahko služila kot novo diagnostično orodje za zgodnje prepoznavanje bolezni. Uporabiti želimo nov pristop pri zaznavanju vezave proteinov, imenovan IRPS (analiza s površinsko plazmonsko resonanco, angl. analysis with surface plasmon resonance), ki omogoča odkrivanje proteinov in opazovanje proteinskih interakcij v realnem času in brez posebnega označevanja. Z namenom, da bi našli možna sovpadanja med izražanjem genov in celično proteinsko vsebnostjo oz. za ocenjevanje poskusov s proteinsko onko-mrežo, kar pomeni vzporedno preučevanje transkriptoma gastričnega raka, bomo razvili nizko-gostotno mikromrežo DNA. Pri tem bomo uporabili že znane označevalce, ki smo jih odkrili v naših predhodnih raziskavah.
Upamo, da bomo na ta način odkrili skupne bio-označevalce, ki bodo omogočili boljše razumevanje molekularnih osnov in mehanizmov kancerogeneze in ki bodo morda uporabni tudi za razvoj novih molekularnih diagnostičnih metod.
Pomen za razvoj znanosti
Namen projekta je odkritje novih proteinskih označevalcev, ki so značilni za različne razvojne stopnje adenokarcinoma želodca in predrakastih lezij. Te bi v nadaljevanju, skupaj z že poznanimi označevalci, uporabili za oblikovanje proteinskega onko-čipa, uporabnega v diagnostiki za zgodnje odkrivanje vzorcev diferenčno izraženih proteinov, ki naj bi predstavljali specifičen podpis razvojne stopnje raka. Pričakujemo boljši vpogled v molekulske mehanizme onkogeneze in izboljšanje nabora molekulskih označevalcev za normalna in patološka fiziološka stanja. Razviti proteinski čip bo omogočil razvoj nadaljnjih raziskav in bo prototip za komercialne diagnostične čipe.
Med analizo laminih VHH proteinskih sekvenc pa smo tudi razvili računalniški algoritem, ki temelji na ugotovljeni ko-evoluciji različnih aminokislinskih ostankov na površini protiteles z aminokislinskimi ostanki, ki so neposredno vpleteni v prepoznavanje antigenov. To odkritje lahko pomeni uvod v novo tehnologijo pridobivanja rekombinatnih protiteles, saj iz aminokislinskega zaporedja protitelesa lahko predvidimo in načrtujemo razpoznavno mesto za specifičen antigen.
Visokospecifična protitelesa oz. njihove enoverižne variabilne domene sodijo med visoke prioritete raziskovanja na področju molekularne onkologije, zaradi pričakovane uporabnosti v imunoterapiji oz. zdravljenju raka kot tudi pri razvoju novih, natačnejših diagnostičnih metod.
Pomen za razvoj Slovenije
Proteomski pristop pri iskanju specifičnih označevalcev onkogeneze v slovensko medicino uvaja nove metode post-genomske znanosti. Boljši vpogled v molekulske mehanizme onkogeneze in izboljšanje nabora molekulskih označevalcev za normalna in patološka fiziološka stanja ponujata možnosti za učinkovitejše zgodnje odkrivanje raka, napovedovanje in spremljanje poteka bolezni ter izboljšane pristope k zdravljenju (osebna medicina). Razvoj proteinske mikromreže je intredisciplinaren, saj združuje pristope funkcijske genomike, medicinske molekularne biologije, nanotehnologije in bioinformatike. Proteinski čipi bodo omogočil razvoj nadaljnjih in bolj poglobljenih raziskav na področju onkologije in bodo prototip za komercialne diagnostične čipe. Projekt ustvarja možnosti za postavitev spin-off podjetij, ki bi lahko razvijala omenjena diagnostična in terapevtska orodja.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2008,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2008,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
