Projekti / Programi
Analiza interakcij med inhibitorji (stefini) in papainu podobnimi cisteinskimi proteazami
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P004 |
Naravoslovno-matematične vede |
Biokemija, presnova |
stefin, papainu podobne cisteinske proteaze, inhibicija, 3-D struktura, bimolekularne interakcije, AFM
Raziskovalci (2)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
19332 |
dr. Manca Kenig |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2003 - 2004 |
0 |
| 2. |
04988 |
dr. Dušan Turk |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
2003 - 2004 |
0 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0106 |
Institut "Jožef Stefan" |
Ljubljana |
5051606000 |
18 |
Povzetek
Sedanje razumevanje mehanizma interakcije med inhibitorji cistatinskega tipa in njihovimi tarčami, lisozomskimi cisteinskimi proteazami, sloni na strukturah kurjega cistatina in kompleksa stefina B vezanega na karboksimetiliran papain in vrsti kinetičnih meritev. Sistematično bomo poskusili zapolniti vrzeli v literaturi in raziskati vlogo N-koncev stefinov. N-konci so edini deli v strukturah stefinov, ki tvorijo specifične interakcije s proteazami. Poskusilii bomo odgovoriti tudi na vprašanje pomena zvitja proteina pri interakcijah s proteini. Gre za to, ali je vloga zvitja inhibitorja le v tem, da približa svoji tarči kompatibilno površino, ali k temu prispevajo tudi interakcije dolgega dosega, ki delujejo na vezavo med samim zbliževanjem oyiroma ločitvijo dveh molekul. Odgovore na ta vprašanja nameravamo pridobiti s kombinirano uporabo metod proteinskega inženiringa, encimske kinetike, rentgenske kristalografije in mikroskopije na atomski sili. Študij encimske kinetike (določevanje inhibicijskih konstant v odvisnosti of ionske jakosti medija) nam bo dal osnovne podatke o vlogi elektrostatike pri teh interakcijah. Z mikroskopijo na atomski sili pa bomo spremljali sile, ki delujejo med približevanjem in oddaljevanjem dveh molekul kot tudi sile, ki držijo dve molekuli v tvorjenem kompleksu skupaj. Poznavanje 3-dimenzionalnih struktur dobljenih z metodo rentgenske kristalografije pa bo ključnega pomena pri načrtovanju mutant stefinov uporabnih za izvedbo kinetčnih meritev in meritev sil mikroskopije na atomski sili ter njihovo interpretacijo.
