Projekti / Programi
Identifikacija konformacijskih in dinamičnih stanj pre-mikroRNA, da bi odkrili način kako jih uporabiti za zaviranje rasti tumorjev
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.09.00 |
Naravoslovje |
Farmacija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.01 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Temeljna medicina |
mikroRNA, mikroRNA prekurzorji, biogeneza, procesiranje, Dicer, struktura RNA, povezava strukture s funkcijo RNA, NMR spektroskopija, zdravila RNA, modifikacije nukleotidov, stabilnost RNA
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan
28. junij 2024;
A3 za obdobje
2018-2022
Podatki za razpise ARIS (
04.04.2019 - Programski razpis,
arhiv
)
| Baza |
Povezani zapisi |
Citati |
Čisti citati |
Povprečje čistih citatov |
| WoS |
15 |
212 |
188 |
12,53 |
| Scopus |
15 |
222 |
197 |
13,13 |
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
38338 |
dr. Anita Kotar |
Kemija |
Vodja |
2021 - 2024 |
0 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0104 |
Kemijski inštitut |
Ljubljana |
5051592000 |
10 |
Povzetek
Molekule mikroRNA (miRNA) so ključni regulatorji izražanja genov. Zato ni presenetljivo, da njihova deregulacija vodi do bolezni. Posledično mora biti sinteza posamezne miRNA strogo nadzorovana. Post-transkripcijska regulacija biogeneze miRNA je večstopenjski proces; začne se z dolgimi prekurzorskimi molekulami RNA, ki so procesirane v zrele miRNA (pri-miRNA >> pre-miRNA >> zrela miRNA). V biogenezi sodelujejo tudi številni proteinski partnerji (Drosha cepi pri-miRNA in Dicer cepi pre-miRNA v kompleksih z drugimi proteini). V tem projektu nas zanima, kako je struktura pre-miRNA povezana z uravnavanjem procesiranja z Dicerjem. Modelna miRNA, ki jo bom preučevala, je pre-let-7f-2, ki je del družine let-7 miRNA in v celicah deluje kot temeljni zaviralec tumorjev. Moji preliminarni podatki kažejo, da zanka pre-let-7f-2 lahko tvori dve različni konformaciji. Zaradi tega je pre-let-7f-2 idealni model za študijo, kako konformacijske spremembe v območju zanke vplivajo na procesiranje Dicerja. Za pridobitev podrobnih informacij o strukturi in dinamiki RNA na atomskem nivoju ločljivosti bom uporabila kombinacijo klasičnih in nedavno razvitih metod spektroskopije jedrske magnetne resonance (NMR). Za izboljšanje konformacijske družine struktur določene na osnovi NMR-omejitev pa bom uporabila podatke SAXS, ki nosijo informacijo o globalni arhitekturi pre-let-7f-2. Zanima me tudi, kako okoljski dražljaji vplivajo na konformacijsko ravnotežje v zanki pre-let-7f-2. Z oblikovanjem mutant, ki bodo zaklenile zanko v posamezno konformacijo, bom preučila njihov vpliv na procesiranje Dicerja. Poleg tega bom pripravila tudi molekule RNA s spremenjenimi nukleotidi na različnih položajih v zanki. Pričakujem, da bodo te modifikacije spremenile učinkovitost procesiranja in stabilnost RNA v primerjavi z nativno pre-let-7f-2. Ti podatki bodo odlično izhodišče za načrtovanje posnemovalcev pre-miRNA, ki bi jih lahko uporabili kot zaviralce tumorjev. Zaradi pomanjkanja visoko resolucijskih struktur RNA, bomo s temi rezultati znatno prispevali k strukturni bazi podatkov RNA. To delo bo zagotovilo unikatne informacije o povezavi med strukturo in funkcijo v biogenezi miRNA. Razumevanje konformacijske dinamike, ki se dogaja v zanki pre-let-7f-2 kot odziv na okoljske dražljaje ali modifikacije nukleotidov, pa bo pomembno prispevalo k našemu znanju o strukturno posredovani regulaciji procesiranja pre-miRNA.
