Projekti / Programi
Optimizirana tehnika trans-spajanja RNA preko izrezovalno-povezovalnega kompleksa za celično slikanje in terapijo
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 1.06 |
Naravoslovne vede |
Biologija |
Alternativno spajanje RNA, trans-spajanje RNA z izrezovalno-povezovalnim kompleksom, zamenjava eksonov, inflamasom NLRP3, mikroskopija 3D SIM, s sindromom CTNNB1 povezane mutacije.
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan
28. junij 2024;
A3 za obdobje
2018-2022
Podatki za razpise ARIS (
04.04.2019 - Programski razpis,
arhiv
)
| Baza |
Povezani zapisi |
Citati |
Čisti citati |
Povprečje čistih citatov |
| WoS |
10 |
173 |
162 |
16,2 |
| Scopus |
11 |
178 |
166 |
15,09 |
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
37644 |
dr. Petra Sušjan Leite |
Biotehnologija |
Vodja |
2021 - 2024 |
0 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0104 |
Kemijski inštitut |
Ljubljana |
5051592000 |
10 |
Povzetek
V nasprotju s kanoničnim spajanjem, kjer se po izrezu introna združijo eksoni istega transkripta, trans-spajanje, alternativna oblika spajanja, združuje eksone iz različnih transkriptov in je navdihnilo umetno strategijo zamenjave eksonov - spliceosomsko posredovano trans-spajanje RNA (SMaRT). Osrednjega pomena pri tej tehniki je racionalno načrtovanje RNA molekule, ki se med spajanjem veže na tarčni transkript in v bližino izrezovalno-povezovalnega kompleksa dostavi eksone z željenimi modifikacijami. Trans-spajanje ohranja endogeno gensko regulacijo, omogoča pa zamenjavo tako večjih kot manjših delov gena, zaradi česar je obetavno raziskovalno in terapevtsko orodje. Njegov prodor bremeni slaba učinkovitost, vendar študije kažejo, da je le-to možno povečati že z manjšo optimizacijo konstruktov za trans-spajanje. V tem raziskovalnem projektu želimo uporabiti trans-spajanje na dveh področjih zanimanja naše raziskovalne skupine: pri mikroskopski vizualizaciji inflamasoma NLRP3 in korekciji mutacij, povezanih s sindromom CTNNB1. Kar zadeva inflamasom, nameravamo trans-spajanje uporabiti kot novo sredstvo za fluorescenčno označevanje endogenih proteinov inflamasoma NLRP3. To bomo dosegli z načrtovanjem konstruktov za trans-spajanje, ki bodo končne eksone v transkriptih zamenjali s fuzijami eksona in fluorescentnega proteina. Za lažjo vizualizacijo bomo pridobili tudi časovno-prostorski nadzor nad sestavo inflamasomskega kompleksa z uporabo optogenetskih konstruktov. Nato bomo z mikroskopijo 3D SIM spremljali sestavo inflamasomskega kompleksa po svetlobni stimulaciji ustvarjenih stabilnih celičnih linij, ki bodo izražale te konstrukte. Kar zadeva mutacije CTNNB1, bi radi uporabili trans-spajanje kot sredstvo za zamenjavo mutiranih eksonov. V ta namen želimo najprej optimizirati ekspresijo konstruktov za trans-spajanje. Učinkovitost bomo nato preizkusili z različnimi poročevalskimi sistemi, kasneje pa z virusno dostavo konstruktov za trans-spajanje v celični in mišji model CTNNB1 sindroma. Intervencija na osnovi trans-spajanja bi lahko predstavljala temelj za nove strategije zdravljenja.
